농부 존에게는 반점이 있는 소 N마리와 반점이 없는 소 N마리가 있다. 소 유전학 강의를 막 마친 존은 소의 반점이 소 유전체의 돌연변이 때문에 생긴다고 확신한다.
존은 큰 비용을 들여 소들의 유전체를 해독했다. 각 유전체는 A, C, G, T 네 문자로 이루어진 길이 M의 문자열이다. 소들의 유전체를 나란히 늘어놓으면 다음과 같은 표가 된다. 아래는 N=3, M=8인 경우이다.
Positions: 1 2 3 4 5 6 7 8
Spotty Cow 1: A A T C C C A T
Spotty Cow 2: A C T T G C A A
Spotty Cow 3: G G T C G C A A
Plain Cow 1: A C T C C C A G
Plain Cow 2: A C T C G C A T
Plain Cow 3: A C T T C C A T
표를 자세히 살펴본 존은 위치 2부터 위치 5까지의 구간만으로 반점 여부를 설명할 수 있다고 추측한다. 즉 이 위치들(위치 2…5)의 문자만 보고도 어느 소에게 반점이 있고 어느 소에게 없는지 알 수 있다. 예를 들어 이 위치에서 GTCG라는 문자열을 보면 그 소는 반드시 반점이 있는 소이다.
반점 여부를 설명할 수 있는 연속한 위치 구간 중 가장 짧은 구간의 길이를 구하라.