220만 종과 11개 분류 체계를 형질 오버레이로 탐색하는 Interactive Tree of Life

220만 종과 11개 분류 체계를 형질 오버레이로 탐색하는 Interactive Tree of Life

  • Ptree는 동물, 식물, 균류, 세균, 고세균, 바이러스 등을 아우르는 생명의 계통수를 접히는 트리로 표시하고, 노드마다 사진과 설명을 연결해 탐색하게 함
  • 사용자는 11개 분류 체계의 계층을 선택하고 Tree, Icicle, Chronogram의 3가지 보기로 전환할 수 있으며, 기본 Tree 보기는 여러 분기 경로를 접어 동시에 표시함
  • 분류군에 산란, 식성, 서식지, 체중, 수명, 보전 등급 같은 형질 데이터를 겹쳐 표시하고, 수천에서 수백만 종의 값을 상위 분류군 단위로 합산해 비율을 보여줌
  • 제작자는 220만 종을 7개 계로 집계하는 과정에서 동음이의어와 사진 연결 오류가 두드러진다고 설명했으며, 사진은 선호 수, 화면 비율, 사육 여부, 생존 여부 등을 점수화해 고름
  • Homo rhodesiensis의 부적절한 속칭이 Wikimedia Commons와 WikiData에서 유입된 사례는 발견 직후 운영 환경에서 제거했으며, 제작자는 원 출처의 훼손 가능성을 확인 중임

Hacker News opinions

디자인이 정말 빠르고 보기 좋음. 몰랐던 종을 찾아보고 서로 어떤 관계인지 훑는 재미가 있음.

'incertae sedis'를 여기서 처음 알았는데, 적어도 어느 계에 속하는지는 보여야 하지 않나 싶음. 예를 들어 Naldaviricetes는 분명 바이러스인데.

그 UX 지적에는 동의함. 다만 나는 각 분류 체계가 제공하는 동의어, 승인 상태, not-a-taxon, 환경 표본, unplaced 같은 근거만 써서 구조적 잡음을 거르고, 내 판단으로 분류군을 다른 부모로 옮기지는 않음. ICTV는 Naldaviricetes를 realm, kingdom, phylum에 아직 배정하지 않아 Ptree에서는 Viruses 바로 아래에 둠.

마우스를 올렸을 때 사진이 안 맞는 곳이 있음. viruses에는 너구리가 나오고 lungfish에는 물고기를 먹는 새가 나왔음.

220만 종을 7개 계로 접으면 동음이의어 같은 데이터 오류가 크게 드러남. 너구리는 실제로 Morbillivirus Canine Distemper Virus에 감염된 사진이고, 새는 실제로 폐어를 먹는 장면임. 밈성 사진은 선호 수를 감점하고 있고, 폐어 사진은 차순위 사진을 쓰도록 차단할 수도 있음.

OneZoom도 봐야 함. Open Tree of Life가 수천 연구의 계통 데이터를 합쳐 만든 합성 계통수이고, 빠진 연구는 Newick 트리와 주석을 기여할 수 있음.

OneZoom의 오프스크린 벡터 가지치기는 인상적이지만 데스크톱에서는 팔을 계속 움직여야 해서 불편했음. 여기서는 OTT를 포함한 11개 분류 체계의 계층을 제공하고 Icicle, Chronogram, Tree 보기를 전환할 수 있게 했음. 계통수 자체보다 형질을 겹쳐 보여줘서 알 낳는 척삭동물이나 육식 거미의 비율을 한눈에 보려는 쪽에 초점을 뒀음.

형질을 연결하고 조정하는 작업이 프로젝트 대부분이었음. 예를 들어 당연한 4개 문 외에 알을 낳는 종이 하나라도 나오면, 잘못 연결된 지점을 다시 추적했음.

분류군에서 위로 이동하는 기능을 쉽게 찾기 어려움.

iPad에서는 클릭이 20% 정도만 먹는 것 같음.

버그를 재현했고 한 시간 안에 수정본을 올리겠음.

Homo sapiens를 검색했더니 인간의 형제 분류에 'cumshot man'이 보였음. 검색하면 포르노 결과만 나오는데 왜 들어갔는지 모르겠음.

Wikimedia Commons와 WikiData가 Homo rhodesiensis의 속칭으로 수집한 값이고 훼손일 수 있음. 토론 문서에 올리겠지만, 우선 운영 환경에서는 즉시 제거했음.

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